在《巫妖王之怒》中副本地下城内容同样是重头戏，同时，暴雪也对副本的一些设定进行了变革，比如副本声望获得模式的改变、团队副本模式的改变等。
目前已经开放的副本
5人副本
乌特加德要塞嚎风海湾，等级68-75
魔枢北风苔原，等级70-75
艾卓-尼鲁布龙骨荒野，等级70-77
安卡赫特：古代王国龙骨荒野，等级71-78
达克萨隆要塞灰熊丘陵，等级72-78
紫罗兰监狱达拉然，等级73-79
古达克祖达克，等级76-80
奥杜尔: 岩石大厅风暴峭壁，等级77-80
乌特加德之巅乌特加德要塞，等级78-80
魔环魔枢，等级78-80
时光之穴: 净化斯坦索姆塔纳利斯，等级78-80
奥杜尔: 闪电大厅风暴峭壁，等级78-80
团队副本
阿尔卡冯的宝库冬拥湖
纳克萨玛斯龙骨荒野
永恒之眼魔枢
黑曜石圣殿龙骨荒野
新的副本声望模式
在《巫妖王之怒》中，暴雪改变了副本中通过杀怪而获得声望的模式。新的声望获取方式如下：
只有在 乌特加德之巅 、 魔环 、 时光之穴: 净化斯坦索姆 和 奥杜尔: 闪电大厅 这4个副本的普通模式以及 所有5人副本的英雄模式 中通过杀敌才可以获得声望。
副本将没有特定的对应阵营，在可获得声望的副本中获得的声望将由玩家所穿着的 战袍 决定。
肯瑞托 、 银色北伐军 、 黑锋骑士团 和 龙眠联军 这4个阵营供应的战袍将会有一个附加属性，这个属性会使你在以上副本地下城中战斗获得声望转化为对应阵营的声望。这些战袍可以在友善声望时进行购买。
当玩家没有穿着战袍，或是穿着了非以上4个阵营的战袍时，在以上这些副本地下城中战斗将会默认的获得玩家阵营对应声望。联盟玩家对应的阵营是 无畏远征军，部落玩家对应的阵营是 部落先遣军。
在英雄模式下获得的声望要比普通模式下高出很多。在团队副本杀敌将没有声望奖励。
5人副本的变化
在玩家达到80级时将会自动解锁所有副本的英雄版本，此时玩家可以进入这些新副本的英雄模式了。英雄模式的门槛仅仅是玩家的等级，不再和声望有关。
在普通模式中，最高级的掉落将会是78级的蓝色装备。而英雄模式中，最低级的掉落将会是80级的蓝色装备，而每个英雄副本的最终首领都将会掉落一件80级的紫色装备（物品等级200）。
英雄模式下，每个首领都会掉落一个 英雄纹章，这种代币可以在达拉然兑换紫色装备。
5人副本日常任务
在《巫妖王之怒》中，5人副本日常任务得到了延续。
在达拉然中紫罗兰监狱入口前，会有2名NPC分别提供普通和英雄模式的日常任务。
当玩家达到78级时，将可以接受普通模式的日常任务。普通模式的日常任务的目标和《燃烧的远征》中的类似，为击杀对应副本中的普通怪物，在普通和英雄模式下均可以完成。这些任务将会奖励 肯瑞托 、 银色北伐军 、 黑锋骑士团 或 龙眠联军 的声望250点（玩家可选，四选一）。
当玩家达到80级时，将可以接受英雄模式的日常任务。英雄模式的日常任务的目标和《燃烧的远征》中的类似，为击杀对应副本英雄模式中的最终首领，只可在英雄模式下完成。这些任务将会奖励2枚 英雄纹章。
团队副本的变革
在《巫妖王之怒》中，暴雪对团队副本进行了大规模的变革。新的团队副本规则如下：
团队副本也将会分为普通和英雄两个模式。普通模式为10人上限，英雄模式为25人上限。普通模式和英雄模式的团队副本会分别有各自独立的冷却时间。
在普通模式下，团队副本中的各个首领都会掉落与5人副本英雄模式相同的 英雄纹章，而英雄模式团队副本中则会掉落 勇气纹章。
英雄模式下的掉落会比普通模式下的更加精良，相应的，勇气纹章 的奖励也会比 英雄纹章 的奖励高级一些。
和5人副本的设定相当，英雄模式的团队副本的难度会比普通模式高出很多。
两个版本团队副本奖励的套装将可以混穿触发奖励，这个设定类似于目前的竞技场套装。比如一名法师玩家拥有普通版本T7套装的头部、胸部和肩部装备以及1件英雄版本T7套装的手部装备，那么当这4件装备同时装备时，可以触发2件和4件套装的效果。
在团队副本杀敌没有声望奖励。